Tyrimai Aukštaitijos ir Žemaitijos integruoto monitoringo stotyse bei Preilos atmosferos užterštumo tyrimų stotyje atliekami siekiant įvertinti tolimųjų oro teršalų pernašų iš kitų valstybių srautus, jų poveikį bendram Lietuvos oro baseino užterštumo lygiui, jų kaitą pagrindiniuose Lietuvos kraštovaizdžio tipuose, teršalų transformaciją ir poveikį sąlygiškai natūralių ekosistemų būklei.