Steigiant „Natura 2000“ tinklą Lietuvoje ir užtikrinant jo vertybių apsaugą, inventorizuojamos pagal ES Buveinių ir Paukščių direktyvas saugomos buveinės ir rūšys, nustatoma jų buveinių būklė, išskiriamos jų apsaugai svarbios teritorijos ir joms nustatomi konkretūs apsaugos tikslai, laikantis palankios apsaugos būklės kriterijų Bendrijos svarbos buveinėms ir rūšims. Apsaugos tikslai nustatomi siekiant kuo tiksliau apibrėžti pageidaujamą tam tikroje teritorijoje siektiną išsaugojimo būklę arba lygį. Jie nustatomi kiekvienam buveinių tipui ir rūšims, esančioms toje teritorijoje.