Valstybinės veterinarinės kontrolės ūkio subjektas yra kontroliuojamas Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos, remiantis teisės aktų reikalavimais. Ūkio subjektams suteikiama teisė vykdyti nustatytą veiklą, jį registruojant ar suteikiant jam veterinarinio patvirtinimo numerį. Teritorinės VMVT kontroliuoja veterinarinio patvirtinimo ar registracijos numerį turinčių kontrolės subjektų atitiktį jų veiklą reglamentuojančių teisės aktų reikalavimams.